يعود تاريخ السكك الحديدية في المملكة الأردنية الهاشمية إلى بداية القرن الماضي فقد بوشر بإنشاء أول خط حديدي يقطع المملكة من شمالها إلى جنوبها في بداية عام 1900، ويقع هذا القسم ضمن الخط الرئيسي الذي يربط الأراضي التركية بالمدينة المنورة مرورا بالعاصمة عمان وقد أطلق عليه بكامله اسم الخط الحديدي الحجازي.
ونظرا لأهمية الفوسفات كمصدر أساسي من مصادر الدخل القومي للمملكة فقد كان من الضروري إيجاد وسيلة نقل اقتصادية وذات طاقة عالية، ولهذا باشرت الجهات المختصة في المملكة بإنشاء خط حديدي يربط مناطق تعدين الفوسفات في جنوب المملكة بميناء العقبة حيث بدأ العمل بتقوية جزء الخط الحديدي الحجازي من مناجم الحسا حتى محطة بطن الغول وإنشاء خط جديد من بطن الغول حتى ميناء العقبة في تشرين ثاني عام 1972 وتم افتتاحه رسميا بتاريخ 14/11/1975، وأسندت إدارة هذا الخط إلى مؤسسة مستقلة أطلق عليها اسم (مؤسسة سكة حديد العقبة) وفي عام 1982 تم ربط مناجم الفوسفات في وادي الأبيض بالخط الحديدي عند تفرع الحسا وبطول (22كم) ليصبح الطول الإجمالي للخط (293.341كم) .
تأسست مؤسسة سكة حديد العقبة بموجب القانون رقم (22) لسنة 1972 حيث منح المؤسسة شخصية اعتبارية واستقلال مالي وإداري بحيث تمارس السلطات والصلاحيات اللازمة لإنشاء وإدارة وتشغيل وصيانة الخط الحديدي لغايات نقل الأشخاص والبضائع ولها أن تقوم من اجل تحقيق غاياتها بأية أعمال فرعية أخرى تجارية أو مالية أو عقارية أو هندسية أو تدريبية أو سياحية لازمة لهذا الغرض أو متصلة به أو مكملة له ، ويجوز للمؤسسة اعطاء حق التشغيل الحصري أو أي تسمية أخرى اكثر دقة مع تأجير موجوداتها (معداتها وموجوداتها المنقولة) ، وتتبع المؤسسة قانون سكك الحديد الاردنيه لسنة 1932 (الساري المفعول) حيث ان هناك حاليا دراسة لتعديل هذا القانون في وزارة النقل.